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基于GEO數(shù)據(jù)庫對顱內動脈瘤形成與破裂相關基因的挖掘與分析

作者:白晶波; 張婷; 涂悅; 劉洋 武警特色醫(yī)學中心麻醉手術二科; 天津300162; 武警后勤學院研究生大隊; 天津300162; 武警特色醫(yī)學中心腦科中心; 天津300162; 上海市閔行區(qū)中心醫(yī)院神經內科; 上海200000

摘要:目的:基于GEO數(shù)據(jù)庫挖掘與顱內動脈瘤(IA)形成和破裂相關的潛在基因。方法:從GEO數(shù)據(jù)庫中收集IA人群研究的mRNA基因芯片共計133例。在GEO2R平臺內對各組的數(shù)據(jù)做差異mRNA基因分析,篩選出共同差異基因并完成基因本體(GO)富集分析和京都基因與基因組百科全書(KEGG)通路富集分析。將篩選出的差異基因導入String在線數(shù)據(jù)庫,獲得差異基因所編碼的蛋白質之間的相互作用。結果:篩選出共同差異基因42個,主要參與的生物學過程包括RNA聚合酶Ⅱ啟動子對氧化應激反應的轉錄調控、趨化因子產生的正向調節(jié)、巨細胞自噬的陽性調節(jié);主要發(fā)揮的分子功能包括蛋白質結合、RNA聚合酶Ⅱ轉錄輔阻遏活性、轉錄激活因子活性和蛋白激酶C結合;在細胞組分方面不呈現(xiàn)富集狀態(tài)。主要覆蓋的信號通路包括缺氧誘導因子-1信號通路、胰高血糖素信號通路和代謝途徑信號通路。結論:初步篩選出IA的形成與破裂可能與偕胺肟還原組件1、腫瘤壞死因子-α誘導蛋白6、結合珠蛋白、肥大細胞膜表達蛋白1、ZAK、磷脂酶Cβ4以及血液和神經系統(tǒng)表達因子1等蛋白所介導的生物學功能過程相關,除了既往已知的IA機制外,細胞自噬和HIF-1通路可能也參與了IA的形成。

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